Odjeljenja ANUBIH su nosioci osnovne naučne odnosno umjetničke djelatnosti. Odjeljenja osnivaju odbore i komisije, čiji je zadatak da organizuju realizaciju Akademijinih naučnih projekata i programa i da neposredno učestvuju u realizaciji programa nekih međuakademskih odbora.

Odjeljenje društvenih nauka

Odjeljenje humanističkih nauka

Odjeljenje medicinskih nauka

Odjeljenje prirodnih i matematičkih nauka

Odjeljenje tehničkih nauka

Odjeljenje za umjetnost